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Résumé complet de l'épisode:
Une équipe de scientifiques accompagnée de quelques militaires est en train d'inspecter les secteurs de la cité qui ont été inondés lors de la tempête survenue quelques semaines plus tôt (cf. The Storm / The Eye). Au moment de partir deux d'entre eux manquent à l'appel : Johnson et Wagner. McKay les contacte par radio, ils sont attaqués! Quand le reste de l'équipe arrive sur place, Wagner est mort et Johnson a des hallucinations, elle se croit attaquée alors qu'il n'y a absolument rien à part les autres scientifiques. Quelques secondes plus tard, après une crise de panique, elle meurt dans les bras de Zelenka.

McKay contacte Beckett, il demande d'urgence une équipe d'isolement au grand étonnement de Ford qui se demande bien pourquoi. Rodney lui fait gentiment remarquer que personne ne meurt d'une hallucination. Les deux morts ont du être exposés à quelque chose et c'est sûrement aussi le cas pour le reste de l'équipe. Le plus sage est de mettre aussi en place une quarantaine auto-régulée dans toute la cité. Le Docteur Peterson n'est pas très favorable à cette idée, s'il y a quelque chose de dangereux là où ils sont, ils devraient au contraire fuir plutôt que de rester là où ils sont. McKay et Zelenka lui répondent qu'en agissant de la sorte il mettrait toute la cité en danger. Rodney lui ordonne donc de rester sur place, et même pire : ils vont marcher sur les pas de Wagner et Jonhson.

Pendant ce temps là, Teyla et Sheppard sont au gymnase et s'entraînent au combat au bâton, la demoiselle a largement le dessus. Alors que l'athosienne fait remarquer au Major qu'il ne s'est pas entraîné comme convenu, le Docteur Weir met en place la quarantaine autorégulée. Ils sont donc coincés dans le gymnase pour les (minimum) deux heures suivantes.

Devant l'inquiétude de son équipe (en particulier Peterson) à se rendre dans le secteur qu'exploraient les deux morts, McKay se voit obligé d'être honnête avec eux. Si l'agent pathogène qui les a infectés n'est pas dans l'air, le risque d'être contaminé à l'endroit où ils vont est très faible, en revanche, si c'est un virus qui circule dans l'air ils sont plus que probablement déjà infectés. Sachant cela, et sachant que Wagner et Johnson étaient dans cette zone depuis moins de 12 heures, il en conclut que la période d'incubation est extrêmement courte et que chaque minute compte pour comprendre ce qui s'est passé et essayer de les soigner.

McKay et Ford entrent dans un labo, là, ils trouvent de nombreux tubes à essais, la plupart ont été détruits par la tempête et ils n'ont aucun moyen de savoir duquel provient le virus qui s'en prend à eux. Toute l'équipe se met donc au travail et commence à étudier ce labo, qui selon toute vraisemblance était un laboratoire de virologie. Alors que tout se passe bien Dumais, elle aussi, voit des choses et croit se faire attaquer, elle meurt quelques instants plus tard.

Malheureusement, pendant que tout le monde s'occupait de Dumais, Peterson, qui commence lui aussi à voir des choses, en a profité pour s'enfuir et se dirige vers le centre de la cité. Peter Grodin et les autres ingénieurs de la salle de contrôle tentent de l'arrêter en fermant les portes devant lui, mais c'est un expert en technologie des anciens et il arrive à les rouvrir manuellement, il faut envoyer quelqu'un pour le stopper.

Beckett et ses médecins (portant des combinaisons de protection évidement) sont arrivés au labo et commencent à ausculter tous les membres de l'équipe. Tous ont l'air en parfaite santé, seulement Dumais l'était aussi juste avant de mourir. McKay commence à voir des ombres.

Sheppard veut aller appréhender Peterson mais Elisabeth refuse, elle ne veut pas que le militaire le plus haut gradé prenne le risque d'être contaminé. Elle fait donc fermer la porte du gymnase pour l'empêcher d'en sortir. Le Major ordonne alors à Bates d'ouvrir toutes les portes entre le gymnase et le laboratoire médical s'opposant ainsi à l'avis de Weir. Lui et Teyla partent donc s'équiper de combinaisons pour aller arrêter Peterson. Teyla fait savoir au Major qu'elle pense qu'il n'aurait pas dû contredire Weir.

Au laboratoire, l'autopsie des deux premières victimes révèle qu'ils sont tous les deux morts d'une rupture d'anévrisme au-dessus du cortex visuel. McKay pense savoir de quel virus il s'agit, il l'a trouvé dans la base de données des anciens : 6 heures d'incubation, hallucinations récurrentes et rupture d'anévrisme. Pendant qu'il explique cela, Rodney a une vision et se met à hurler, un spectre vient droit sur lui. Dumais avait croisé Wagner et Johnson une heure après qu'ils soient entrés dans le labo et est morte une heure après eux. Ensuite elle a croisé McKay et Hayes, ce sont eux les prochains.

Teyla et Sheppard retrouvent Peterson, il refuse de retourner au laboratoire de virologie mais accepte d'être mis en quarantaine dans le laboratoire médical. John prévient Weir de cette décision, mais Peterson en profite pour entrer dans le téléporteur, le Major lui tire dessus. On retrouve le Docteur au mess, blessé, tout le personnel sur place s'approche de lui pour le secourir, il s'effondre, puis meurt. A ce moment une alarme se déclanche, et toutes les portes de la cité se ferment, elle (la cité) a pris le contrôle en détectant l'agent pathogène dans le mess. Il semblerait qu'elle n'ait pas pris cette mesure plus tôt car ses détecteurs situés près des jetées étaient endommagés par la tempête. Cependant, alors qu'elle bloque les portes à tout le monde, Atlantis laisse circuler Teyla et Sheppard. En effet, ils portent une combinaison et peuvent aller aider les autres sans risquer la contamination. Ils vont donc rassurer les personnes présentes dans le réfectoire.

Au labo, McKay trouve étrange que toutes les victimes aient exactement les mêmes hallucinations. Normalement ces visions sont crées par un gonflement du cortex visuel et devraient êtres aléatoires selon les personnes. Au moment où il explique ce raisonnement à Beckett, Hayes meurt, il ne reste donc à Rodney plus que quelques secondes à vivre. Il expose ses dernières volontés mais... étrangement... il reste en vie.

Selon lui, ce virus est beaucoup trop précis pour être organique, c'est un nanovirus, et il semble être programmé pour tuer les humains, effectivement, McKay bien que contaminé n'est pas mort et ça ne peut être dû qu'à son gène ATA. La géno-thérapie n'est cependant pas une solution, elle ne marche que sur 48% des receveurs et met 4 heures à être efficace, or il ne reste qu'une heure à Ford.

McKay a une idée, il demande à Sheppard de se rendre dans son labo. Là-bas il y a un générateur à impulsions électromagnétique et ces dernières sont suffisantes pour mettre un ordinateur K.O. or les nanovirus ne sont ni plus ni moins que des ordinateurs microscopiques. Sheppard déclenche donc le générateur, mais les portes de la cité restent fermées, l'impulsion n'était pas assez puissante. Ford n'a plus que 29 minutes.

Au mess, les personnes commencent à avoir des hallucinations, l'une d'elles se jette sur Teyla qui tentait de la maîtriser et déchire sa combinaison : l'athosienne est contaminée.

De son coté Sheppard reprend l'idée de McKay mais à plus grande ampleur. Pour créer une impulsion magnétique dévastatrice, il va faire surcharger un générateur à naquadah et donc déclencher une explosion nucléaire au-dessus de la cité (mais assez loin pour ne rien avoir à craindre des radiations). John part donc en Jumper et a ensuite 20 secondes pour se trouver le plus loin possible de l'explosion. Heureusement il s'en tire sans problème et la cité rouvre ses portes. Ils sont tous sauvés et les scientifiques peuvent revenir au centre de la cité.

Plus tard, Weir passe un savon à Sheppard, il leur a sauvé la vie certes, mais il n'avait pas à lui désobéir et il ne faut plus que cela se reproduise. Beckett et McKay viennent les informer de leurs recherches sur le virus, il n'a pas été créé par les Wraiths, mais qui que soit son créateur, il faut espérer qu'il ne soit plus parmi eux.

[Résumé écrit par LadyNanou et corrigé par Solid-Snake56]