La guerre entre les Humains et les Cylons dure depuis mille ans. Lorsque la paix se profile à l'horizon, Baltar, un Humain, renie sa race et se range du côté des Cylons en leur livrant les colonies. Suite à la destruction des douze colonies, les derniers survivants Humains, menés par le commandant Adama, partent à la recherche de la mythique planète Terre dans l'espoir d'en faire leur nouveau foyer et de vivre le plus loin possible des Cylons.

Carillon est l'endroit rêvé pour les Colons. Mais le commandant Adama trouve l'accueil trop chaleureux et a des doutes sur les intentions du peuple de Carillon. En cachette, il met en place une défense secrète, persuadé que les Cylons y sont pour quelque chose.

La majorité des pilotes de viper sont cloués sur le Galactica suite à la maladie. Pour palier à de futures attaques des Cylons, de nombreuses femmes prennent le relaie et apprennent à manier un viper en compagnie du capitaine Apollo.

Le lieutenant Starbuck, pour rembourser ses dettes de jeu, est chargé de tester un nouveau viper ultramoderne, ultrarapide et capable de parler : C.O.R.A.

Pour permettre à la flotte de continuer son périple jusqu'à la Terre, une équipe composée du capitaine Apollo, du lieutenant Starbuck et de plusieurs prisonniers est mise sur pied. Leur but : détruire le fameux canon de Baltar qui se trouve en haut d'une montagne.

Après s'être crashé sur Trillon, le lieutenant Starbuck apprend que la majorité de la population a été exterminée - comme pour les douze colonies - par les Cylons.

Cain souhaite attaquer les Cylons aux côtés du Galactica, en assurant Adama qu'ils peuvent mettre en pièces une partie des Cylons grâce à leur deux battlestars. Toutefois, Adama n'est pas de cet avis et prétexte avant tout vouloir sécuriser la flotte.

En investiguant sur la perte mystérieuse de plusieurs vipers, Apollo, Starbuck et Sheba tombent sur une planète étrange, où ils découvrent un vaisseau avec à son bord un seul survivant : le comte Iblis.

Un vieil homme, connu sous le nom de Chameleon, arrive à faire croire au lieutenant Starbuck qu'il est peut-être son père. Ainsi, il espère pouvoir faire évader un trio de Borrelians sanguinaires.

Un étrange vaisseau est mis en quarantaine sur l'un des ponts du battlestar Galactica. A son bord, plusieurs humanoïdes qui seraient originaires de la planète Terra.

Baltar s'évade et décide de prendre en otages le commandant Adama et le Quorum des Douze. Il n'a qu'une seule exigence à formuler pour leur libération : qu'il puisse retrouver sa liberté.

Le commandant Kronus reçoit une promotion. Mais derrière cet avancement, se cache quelque chose de plus troublant : tout ne va pas pour le mieux sur son vaisseau, le Celestra...