Tandis que les coloniaux survivants en surface de New Caprica font tout pour résister aux cylons en créant une résistance, les militaires, dont William et Lee Adama, tentent de monter un plan pour venir les secourir le plus rapidement que possible.

Malgré la perte des 12 colonies, la dernière flotte de l'Humanité tente d'échapper à l'ennemi. La hantise des cylons viendra s'accroître avec la confirmation que certains d'entre eux sont dotés d'une apparence humanoïde, et qu'ils sont infiltrés au sein de la flotte...