Casting invité :
Matthew Bennett (Aaron Doral), Leah Cairns (Lieutenant Margaret Edmonson "Racetrack"), Aaron Douglas (CPO Galen Tyrol), Alessandro Juliani (Lieutenant Felix Gaeta), Lucy Lawless (D'Anna Biers), Tiffany Lyndall-Knight (Hybride), Kandyse McClure (Lieutenant Anastasia Dualla), Bodie Olmos (Brendan Costanza "Hot Dog"), Eileen Pedde (Erin Mathias), Callum Keith Rennie (Leoben Conoy), Donnelly Rhodes (Docteur Cottle), Rick Worthy (Simon).

Synopsis :
Un étrange fléau frappe les cylons, il va remettre en cause leur propre existence et leur vision de la vie. Ceux-ci proposent alors une discussion aux coloniaux qui détiennent ici un moyen inespéré d'exterminer à jamais leurs éternels poursuivants.

Résumé :
Plusieurs vaisseaux coloniaux ont été envoyés près du Base Star infecté afin de comprendre ce qu'il s'est passé. Lee Adama et Athéna constatent que tous les vaisseaux cylons sont inanimés. Plusieurs humains pénètrent donc à l'intérieur du vaisseau mère pour l'explorer. Ils découvrent dans la salle des commandes des dizaines de cadavres de cylons humanoïdes.

Tandis qu'Athéna accède aux données, plusieurs cylons s'animent, semant la panique. Ils se réunissent et prient en se tenant la main. Athéna prend dans ses bras un de ses doubles qui lui explique que la balise transporte une maladie. Apollo prévient alors le BSG-75 Galactica qu'ils ont tous été infectés.

Le Docteur Cottle informe Adama père des procédures à suivre pour mettre en quarantaine les militaires exposés à la maladie. Ils devront rester isolés tant qu'on n'en saura pas davantage sur ce qui a touché les cylons. Le médecin souhaite jeter un oeil à la balise qui a propagé l'infection, mais l'Amiral ne veut prendre aucun risque. Cependant, Cottle aura plusieurs cylons malades à ce mettre sous la dent afin d'étudier l'évolution que prend l'infection.

Soudain, alors que les coloniaux s'éloignent de la flotte Cylon en emportant plusieurs prisonniers, le Base Star s'auto-détruit.

Le Docteur Gaius Baltar se réveille dans une salle d'un Base Star. Six et D'Anna lui posent une importante question: pendant combien de temps comptait-il les trahir? Gaius ne les prend pas au sérieux, mais il saisit rapidement que les deux femmes ne plaisantent pas. Il leur rappelle qu'il les a aidées à de maintes reprises, mais D'Anna l'informe qu'elles ont découvert la balise. Les deux cylons accablent l'humain de questions. Gaius tente de se justifier, de leur expliquer pourquoi il leur a caché la source du virus, mais elles l'écoutent à peine. Un Centurion entre alors dans la pièce et se dirige vers Baltar. D'Anna lui explique qu'elles pensent qu'il leur cache autre chose et qu'elles sont bien décidées à savoir de quoi il s'agit.

Dans un décor de plage au sable blanc, Six, habillée de son habituelle robe rouge, rejoint Gaius qui est allongé sur une chaise longue. Elle tente de le détendre, mais il n'y arrive pas car il souffre trop. La Cylon lui dit que la douleur comme le plaisir sont dans la tête, et qu'il peut les interpréter comme bon lui semble.

C'est alors qu'on découvre que le Docteur Baltar est attaché sur une chaise de torture au sein du Base Star. Il hurle de douleur sous les yeux de D'Anna et de Six, qui a du mal à le voir souffrir ainsi.

Sur le Galactica, tout le personnel qui a été en contact avec les cylons infectés est gardé en quarantaine. Le Docteur Cottle entre alors et leur annonce que les humains sont insensibles à cette maladie. Tous quittent donc la zone, à l'exception d'Athéna qui va devoir attendre les résultats de ses examens.

Le médecin de la flotte coloniale se rend ensuite au chevet des prisonniers qui agonisent. Il choisit d'étudier en premier une copie d'Aaron Doral car il est le plus malade.

Le Président Laura Roslin, le XO Karl C. Agathon, le Docteur Cottle et William et Lee Adama se réunissent dans le bureau de l'Amiral pour discuter du sort des prisonniers cylons. Le médecin explique qu'il peut les maintenir en vie grâce à un vaccin qu'ils devront régulièrement recevoir. Malgré l'avis contraire d'Apollo, ils décident de les garder en vie pour les interroger.

Peu après, le Cylon Simon révèle aux humains que le Base Star infecté à été abandonné par le reste des cylons qui craignaient que la maladie ne se propage à toute leur race au cours d'une résurrection. Il leur confie ensuite qu'ils sont partis à la recherche de la nébuleuse du Lion sur les conseils de Gaius Baltar. Les Coloniaux sont stupéfaits d'apprendre que l'ex-Président est vivant et chez l'ennemi. Après le départ de Simon, Lee Adama fait alors remarquer qu'une opportunité exceptionnelle s'offre à eux: celle d'éliminer une bonne fois pour toutes la race Cylon.

De fait, il propose son plan au Président: provoquer les cylons pour que leur flotte accompagnée d'un Resurrection Ship les rejoigne. Il leur suffirait ensuite d'exécuter les cylons malades pour répandre le virus. Mais Karl s'oppose fermement à cette solution. Pour lui, cette attaque ne serait rien d'autre qu'un génocide. Roslin est pourtant du côté de Lee: l'ennemi a provoqué cette guerre en exterminant des milliards d'êtres humains. Helo tente de les convaincre en leur rappelant qu'un génocide leur retirerait une part de leur âme, et qu'il existe peut-être d'autres cylons comme Athéna, sa femme.

A bord d'un vaisseau-mère Cylon, Gaius souffre le martyr quand Numéro Six lui apparaît à nouveau sur la plage. Elle lui demande d'oublier la douleur et de se détendre. D'Anna Biers lui accorde une courte pause au cours de laquelle ils discutent de la Volonté de Dieu, puis elle reprend l'interrogatoire avec un autre objet de torture. Six parvient à lui faire comprendre comment séparer son corps de son esprit et comment transformer la souffrance en orgasme. Aux yeux de D'Anna, Gaius semble devenir fou, criant son amour à une personne imaginaire.

Karl C. Agathon rejoint sa femme, Athéna, qui lui apprend que d'avoir porté un enfant à moitié humain l'a immunisée contre le virus qui décime les cylons. Cependant, lorsqu'il lui annonce que les humains sont sur le point d'exterminer sa race, elle fond en larmes.

A bord du Colonial One, l'Amiral fait part à Laura de ses scrupules. Les arguments de Helo l'ont touché. Mais Roslin ne veut pas laisser passer cette chance de mettre fin à la guerre, et lui donne l'ordre de mettre le plan à exécution.

La flotte Coloniale se rend donc sur un territoire Cylon et y attend ses ennemis. Alors que les vipers décollent, Agathon sabote des circuits du Galactica à l'abri des regards indiscrets. Plusieurs vaisseaux cylons, dont un Resurrection Ship, font leur apparition. Pendant que les vipers et les raptors affrontent les raiders, l'Amiral William Adama donne l'ordre d'exécuter les prisonniers. Apollo chargé du rôle de bourreau découvre qu'ils sont tous morts avant que la flotte Cylon ne les atteigne. Ainsi, la mission est rapidement annulée et l'ordre de fuite déclaré.

Dans ses quartiers, Karl explique à sa femme qu'il ne se considère pas comme un traître. Il a fait ce qu'il a fait parce qu'il était convaincu que c'était la bonne chose à faire. Il s'attend à être accusé.

Dans son bureau, William Adama apprend à Laura Roslin que les prisonniers sont morts d'asphyxie suite à un sabotage du purificateur d'air. Ils savent tous les deux qu'il n'y a que deux suspects, mais l'Amiral décide d'enterrer cette histoire. Il lui remet ensuite un rapport du Docteur Cottle. Ce dernier pense que la balise trouvée sur le Base Star a été involontairement contaminée, par un éternuement par exemple. Le médecin de la flotte affirme aussi que le virus en question est un virus qui date de 3000 ans, c'est-à-dire de la période où la 13ème Colonie a quitté Kobol...

Questions :
- Qui a programmé l'autodestruction du Base Star? Est-ce l'Hybride avant de tomber malade? Une copie Cylon humanoïde? Caprica-Sharon? Un système automatique?
- Comment se fait-il que les cylons se fassent si facilement avoir? En effet, ils n'hésitent pas à envoyer, à chaque bataille, un Resurrection Ship. Suite à la découverte d'une maladie pouvant contaminer toute leur race, cela provoquera-t-il une méfiance sur les technologies à utiliser lors d'attaques ou de défenses contre les coloniaux?
- Hallucination-Six en sait énormément. Bien plus que toutes les déductions que le cerveau de Gaius pourraient avoir suite aux nombreuses révélations à bord du Base Star. Qui est cette copie? D'où se projette-t-elle? Quel est son but ultime?
- Après Caprica-Six, une copie d'Anna Biers semble petit à petit apprécier Gaius Baltar. A-t-elle elle aussi des sentiments envers lui?
- Comment se fait-il que Simon soit si catégorique sur le fait que son peuple ne trouvera jamais un remède à la maladie? Qui plus est, les cylons semblent avoir très peur à l'approche de la mort. Que sont-ils prêts à sacrifier pour ne pas mourir pour de bon?
- Cottle peut-il reproduire la maladie pour refaire un essaie de génocide?
- Que sont devenues les dépouilles des copies cylons mortes sur le BSG-75 Galactica? Ont-elles été jetées par le SAS? Ou bien ont-elles été placées à la morgue en compagnie du corps de Galactica-Valerii , tuée par Cally Henderson, lors de la saison 2?
- Maintenant que les humains se rapprochent de plus en plus vers la voie de la Terre, quelle sera la prochaine étape? Quant aux cylons, avec l'aide de Baltar, arriveront-ils sur les lieux avant les hommes d'Adama?