Version française du titre : Sous le Feu de l'Ennemi

Sheppard s'apprête à jouer au kamikaze contre un vaisseau-ruche lorsque le Daedalus débarque et se débarasse des ennemis. Le temps est compté, à la surface d'Atlantis, des attaques suicidaires wraiths ont lieu...
Version française du titre : I.A.

Au moment où l'équipe Atlantis est de retour vers Pégase, un virus Wraith se propage et infecte le système informatique du Daedalus...
Version française du titre : Chasse à l'Homme

Dans le but de retrouver Aiden Ford, une mission est mise sur pied pour explorer les alentours d'une Porte des Etoiles sur une autre planète. Sheppard et Teyla seront capturés par un homme mystérieux, Ronon Dex, qui leur raconte son histoire...
Version française du titre : À Corps Perdu

Après une attaque Wraith, l'équipe de Sheppard part secourir les habitants d'un village de la planète Thenora. Cependant, Cadman et McKay sont téléportés par un dart. Zelenka arrivera à les récupérer, mais tout ne se déroule pas comme prévu...
Version française du titre : Les Condamnés

Olésia est une planète étonnante: elle n'a jamais subit d'attaque Wraith. En effet, ces derniers s'arrêteraient sur une île pour se fournir en prisonniers.
Version française du titre : L'Expérience Interdite

L'équipe du Colonel Sheppard découvre un vaisseau-ruche détruit par ce qui semblerait être une arme ancienne alimentée d'une nouvelle source d'énergie révolutionnaire...
Version française du titre : Instinct

Une jeune femelle Wraith aurait été apprivoisée et élevée par un humain en dehors du village. Que faire lorsque plusieurs villageois sont retrouvés morts dans les bois?
Version française du titre : Mutation

Suite à une mauvaise utilisation d'un rétrovirus Wraith créé par le Docteur Beckett, le Colonel Sheppard subit d'importantes mutations génétiques...
Version française du titre : L'Aurore

McKay fait une découverte surprenante: un vaisseau atlante dérivant dans l'espace apparaît sur le radar longue portée de la Cité...
Version française du titre : L'Union Fait la Force 1/2

L'une des équipes d'Atlantis a retrouvé Ford. Celui-ci dirigerait un groupe de plusieurs hommes ayant eu les mêmes transformations que lui. Ainsi, il demande l'aide de Sheppard, afin de provoquer une attaque suicide à l'encontre d'un vaisseau ruche...
Version française du titre : L'Union Fait la Force 2/2

Après l'attaque suicide de Ford, Sheppard et son équipe sont capturés par les wraiths.
Version française du titre : Tempus Fugit

Ayant traversé un étrange portail, John Sheppard fait la connaissance d'un peuple se préparant jour après jour à l'ascension...
Version française du titre : Masse Critique

Alerte au SGC: un Goa'uld a réussi à infiltrer Atlantis! Il aurait également pu placé une bombe sur la Cité. Si personne ne la retrouve à temps, les vaisseaux ruches risques de revenir...
Version française du titre : L'Ivresse des Profondeurs

McKay est coincé dans un Jumper à 4000 mètres de profondeur, en compagnie de Samantha Carter qui lui apparaît sous forme d'hallucination...
Version française du titre : La Tour

L'expédition Atlantis fait la connaissance de plusieurs habitants d'une planète protégée des wraiths grâce à une chaise de contrôle. Le chef du peuple possèderait le gène ATA, malheureusement, au fil du temps, il perd de sa puissance...
Version française du titre : Possédés

Des aliens hostiles ont réussi à s'emparer des esprits du Docteur Elisabeth Weir et du Colonel John Sheppard. Ils deviennent une menace pour l'expédition.
Version française du titre : Coup d'Etat

Le Major Lorne et ses hommes sont capturés par les Genii. Quant à Sheppard, il tente de retrouver le Major en se rendant sur une planète ayant récemment eu un coup d'Etat...
Version française du titre : Traitement de Choc

Les recherches à propos du rétrovirus sont bientôt terminées. Après l'avoir testé sur un Wraith, celui-ci prend forme humaine...
Version française du titre : Inferno

Piégé par un énorme volcan entré en éruption, McKay se voit porter la lourde charge de sauver tout le monde...
Version française du titre : Les Alliés

Atlantis est contactée par Michael, qui propose un marché capable de mettre fin au conflit avec les wraiths...