Version française du titre : Menace sur la Terre

Le Daedalus et l'Orion doivent à tout prix retrouver les deux vaisseaux-ruches se trouvant à mi-chemin entre la galaxie de Pegase et la Voie Lactée.
Version française du titre : Transformation

Alors que Weir défend ses décisions antérieures devant le CIS sur Terre, l'équipe d'Atlantis doit trouver une alternative pour se débarasser des humains "déwraithifiés" du vaisseau-ruche.
Version française du titre : Irrésistible

Sheppard et son équipe rencontrent un homme étrange dénommé Lucius, possédant le don d'être aimé par toutes les personnes dont-il fait la connaissance...
Version française du titre : Face à face

Après l'échec d'une mission d'exploration, Ronon se fait capturer par les habitants de la planète puis est donné aux wraiths qui lui réimplantent une balise. Relâché sur sa planète d'origine, il redevient alors le runner qu'il fut jadis...
Version française du titre : Copies Conformes

L'expédition entre en conctact avec les Asurans, qui se présentent comme les descendants des Anciens. C'est du moins ce qu'ils sont, en apparance...
Version française du titre : Le Monde Réel

Le Docteur Weir se réveille dans une chambre d'un hôpital psychiatrique. D'après son médecin, Atlantis et le programme Stargate ne seraient que les fruits de son imagination.
Version française du titre : Intérêts Communs

Acastus Kolya détient le Colonel Sheppard. De fait, il propose un marché à Weir: lui livrer en échange Ladon Radim.
Version française du titre : La Guerre des Génies

Rodney, de retour sur Terre, rend visite à sa soeur qui a abandonné sa carrière de brillante scientifique pour créer une famille.
Version française du titre : La Machine Infernale

Sheppard et ses hommes portent secours à une autre équipe n'ayant plus donné contact avec Atlantis. Une fois sur place, un appareil wraith altère leur perception des choses.
Version française du titre : Exil Forcé 1/2

S'apprêtant à tester le nouveau réseau de portes intergalactiques, Atlantis est étonnée d'apprendre que l'équipage d'un vaisseau Atlante souhaiterait récupérer les commandes de la Cité...
Version française du titre : Exil Forcé 2/2

Le Général O'Neill et Richard Woolsey ont été pris en otage par les Asurans. L'expédition va tout faire pour les récupérer...
Version française du titre : Le Chant des Baleines

De nombreux habitants d'Atlantis sont victimes d'hallucinations. Ces évènements auraient-ils un lien avec les créatures marines se rapprochant de la cité ?
Version française du titre : Invincible

Sheppard et son équipe découvrent avec étonnement que Lucius Lavin manipule un peuple innocent en se faisant passer pour un héros invincible.
Version française du titre : Le Péril de la Sagesse

Un appareil appartenant aux Anciens donne à Rodney McKay des pouvoirs surhumains...
Version française du titre : Les Jeux Sont Faits

McKay et Sheppard s'affrontent à un jeu sur un des ordinateurs de la Cité, et découvrent avec stupéfaction que les peuples qu'ils gèrent existent vraiment...
Version française du titre : Ames en Détresse

L'équipe du colonel Sheppard découvre une station spatiale dans laquelle réside des Humains ayant survécu à leur ennemi : les Wraiths.
Version française du titre : Une Question d'Ethique

C'est un dimanche tranquille sur Atlantis, les membres de l'expédition vaquent à leurs occupations lorsqu'une bombe explose dans l'une des tours de la Cité...
Version française du titre : Immersion

L'expédition tente de trouver une énergie alternative aux ZPM en allant au fond de l'océan.
Version française du titre : L'Equilibre Parfait

Suite à l'absence de signes de vie de rescapés qu'Atlantis a relogé sur une autre planète, l'équipe du colonel Sheppard doit se rendre sur les lieux et découvrir ce qu'il s'est passé.
Version française du titre : Nom De Code : Horizon

Un des responsables d'Atlantis propose de lancer une attaque préventive contre la planète des Asurans afin d'éviter une nouvelle invasion imminente.