Atlantis continue sa dérive dans l'espace. Parmi l'expédition, le docteur Jennifer Keller fait tout son possible pour sauver Elisabeth Weir, gravement blessée.

En visite sur une planète, Teyla et Ronon sont informés d'une rumeur parlant d'un groupe de guerriers ayant combattu les Wraiths avec succès. Il s'avère que ces personnes sont des anciens militaires originaires de Sateda.

Alors qu'il volait tranquillement en jumper, John Sheppard est capturé par un groupe d'individus. Ayant découvert que leur prisonnier possède le gène des Anciens, ils lui demandent un petit service : activer un vaisseau de guerre ancien récemment trouvé à la dérive.

En visite sur New Athos, Teyla et le docteur Keller se retrouvent pourchassés par une tribu d'humains, les Bola Kai, supposés responsables de la disparition des Athosiens.

Jeannie, la soeur de Rodney McKay, est kidnappée par le PDG d'une entreprise qui souhaiterait qu'elle continue les recherches sur les nanites à des fins personnelles.

Les vaisseaux terriens s'unissent à la flotte de vaisseaux wraiths alliés dans le but d'anéantir la menace Réplicateur.

La cité d'Atlantis est en état d'alerte, tous les secteurs de la cité sont verrouillés. Cependant, les détecteurs ne signalent aucune intrusion.

Le colonel Sheppard revient sur Terre pour assister aux funérailles de son père. A l'enterrement, une femme aborde Sheppard et Ronon. Celle-ci prétend travailler pour une société qui mettrait au point des entités à base de nanites.

Teal'c est convoqué par Carter afin de préparer Ronnon. Celui-ci doit bientôt être interrogé par le Comité de Surveillance dans le but de renouveler sa collaboration avec Atlantis.

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